由於追求受歡迎的外貌，很多配種者以近親繁殖，不顧及挑選健康基因令純種貓更容易患上遺傳疾病。臨床硏究發現，純種貓咪主要的遺傳疾病主要有以下幾種。而且，不同品種的貓咪，其遺傳病也可能不一樣。
第一類
如波斯描、異國短毛、喜馬拉雅和金吉貓等，容易出現多囊腎導致腎衰竭，還有不可避免的特殊短鼻管引致的呼吸道問題和淚腺問題等等。
第二類
蘇格蘭折耳貓等（折耳貓類），只要㩗帶折耳基因，包括折耳立耳，不管是折耳配折耳，折耳配英短，還是折耳配美短，都有骨骼遺傳病，軟骨骨質發育異常。一旦發病，貓咪會在痛苦中死去。此外和英短美短一樣，有心臟方面的問題，比如常見的是心肌肥大造成的猝死。捲毛貓和折耳貓，容易遺傳無法治愈的骨骼疾病。
第三類
美國短毛貓和英國短毛描，容易出現心血管方面的問題，尤其是美短公貓，可能有先天性心臟病和心肌炎，會導致猝死，一般發病於1到3歲。
第四類
緬因貓，容易出現先天性心臟病，緊張亦可致死，此外還容易患腎衰竭。
俄羅斯藍貓容易患上腎衰竭
暹羅貓亦容易患遺傳腎衰竭，鬥雞眼，粘多糖病VI，腸系膜腫瘤，過敏性支氣管炎（氣喘），生育的困難，死胎，淋巴瘤等；東短和阿比西尼亞則比較容易遺傳腎衰竭。
無論是不是飼養品種貓，除了去醫院定期健康檢查外，固定打預防針、定時去除或預防體內外寄生蟲都是很重要的。還需要均衡飲食，定時每天幫貓咪梳理毛髮，這樣才能維護貓咪的健康。